東京大学大学院工学系研究科システム創成学専攻　吉村忍研究室

フラグメント分子軌道(FMO)法は、並列処理を駆使して巨大分子系を量子化学的に直截に扱える手法の１つです。ABINIT-MPは、東京大学生産技術研究所を拠点に 15年以上の歳月を経て開発が進められてきた純国産のFMOプログラムで、現在ではポスト「京」重点課題⑥「革新的クリーンエネルギーシステムの実用化」の枠の中でOpenシリーズとして整備・開発が続けられています。

ABINIT-MPは、小規模なサーバから「京」に代表されるスーパーコンピュータまで対応しています。また、使い勝手に優れた専用GUIであるBioStation Viewerも整備され、入力データの作成とフラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)などの計算結果の可視的な解釈も容易に行えます。

IFIEをベースとした相互作用解析は、生物物理や創薬の分野でよく利用されており、大学や研究機関だけでなく製薬会社でも研究開発の現場で使われています。一方、最近では固体表面へのペプチド・アミノ酸の吸着状態の検討、あるいは高分子の粗視化シミュレーションの有効パラメータの算定に用いる事例も出てきています。これは、FMO計算の「ものづくり分野」への展開と位置づけることができます。

このハンズオンセミナーでは、Openシリーズ最新のVer. 1 Rev. 10のご紹介と共に、「京」と互換性を持つFX-10を用いて、ABINIT-MP/BioStation Viewerの利用を経験していただくことを意図しています。皆様のご参加をお待ちしております。