第2回

文部科学省 ポスト「京」重点課題⑥
「革新的クリーンエネルギーシステムの実用化」

東京ハンズオン:ABINIT-MP講習会

開催趣旨

フラグメント分子軌道(FMO)法は、並列処理を駆使して巨大分子系を量子化学的に直截に扱える手法の1つです。ABINIT-MPは、東京大学生産技術研究所を拠点に 20年近い歳月を経て開発が進められてきた純国産のFMOプログラムで、現在ではポスト「京」重点課題⑥「革新的クリーンエネルギーシステムの実用化」の枠の中でOpenシリーズとして整備・開発が続けられています。

ABINIT-MPは、小規模なサーバから「京」に代表されるスーパーコンピュータまで対応しています。また、使い勝手に優れた専用GUIであるBioStation Viewerも整備され、入力データの作成とフラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)などの計算結果の可視的な解釈も容易に行えます。2018年度からは、RISTの支援により、HPCI拠点への共用ライブラリプログラムとしての整備も始まっています。

IFIEをベースとした相互作用解析は、生物物理や創薬の分野でよく利用されており、大学や研究機関だけでなく製薬会社でも研究開発の現場で使われています。産学連携のFMO-DDコンソーシアムの取り組みもあります。一方、最近では固体表面へのペプチドの吸着状態の検討、高分子の粗視化シミュレーションの有効パラメータの算定に用いる事例も出てきています。これらは、FMO計算の「ものづくり分野」への展開と言えます。

このハンズオンセミナーでは、Openシリーズ最新のVer. 1 Rev. 15のご紹介と共に、RISTのFX-10を用いて、ABINIT-MP/BioStation Viewerの利用を経験していただくことを意図しています。皆様のご参加をお待ちしております。

開催情報

開催情報

主 催:文部科学省 ポスト「京」重点課題⑥「革新的クリーンエネルギーシステムの実用化」

共 催:一般財団法人 高度情報科学技術研究機構

プログラム

講師・講演内容が変更となる場合があります。

13:15-13:30

ABINIT-MPの整備状況、新機能

望月 祐志(立教大学理学部)

13:30-13:50

ABINIT-MPの生物物理・創薬分野での利用

福澤 薫(星薬科大学薬学部)

13:50-15:00

実習セミナー

福澤 薫(星薬科大学薬学部)

  • 相互作用エネルギー解析の事例
  • 入力データの作成と実行、結果の見方
  • BioStation Viewerによる可視化
15:00-15:20

休憩

15:20-17:00

実習セミナー2

福澤 薫(星薬科大学薬学部)

加藤 幸一郎(みずほ情報総研(株))

  • PIEDA、CAFIを用いた詳細解析の事例
  • 新機能の体験(局所応答分散補正など)
  • 入力データの作成と実行、結果の見方
  • BioStation Viewerによる可視化
17:00-17:10

ABINIT-MPの今後の研究開発

望月 祐志(立教大学理学部)

17:10-17:30

利用等の個別相談(希望者)

望月 祐志(立教大学理学部)

【FMO法/ABINIT-MPに関する情報】

「プログラムで実践する 生体分子量子化学計算 - ProteinDF/ABINIT-MPの基礎と応用」(森北出版)のABINIT-MP該当部分をご参考いただけると思います。また、日本化学会の情報部会誌にFMO法に関する和文論文が収録されていますので適宜ご参照ください。
https://www.jstage.jst.go.jp/browse/cicsj/31/3/_contents/-char/ja/
https://www.jstage.jst.go.jp/browse/cicsj/31/4/_contents/-char/ja/
なお、ABINIT-MPに関する英語の総説論文は、下記をご参照ください。
“Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems”, S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) 10310-10344. ◎http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/cp/c4cp00316k

参加申込方法

参加申込書と居住判定フローチャートに必要事項をご記入いただき、電子メールにて下記メールアドレスにお送りください。
技術内容についてのお問い合わせも下記メールアドレスへお願いします。

handson-abinitmp★save.sys.t.u-tokyo.ac.jp

メールアドレスの★部分を@に変更の上、送信ください。

参加申込書 ダウンロードPDFWord

居住性判定フローチャート ダウンロードPDF

※参加申込にあたってのお願い※

  • HPCI登録機関所有のFX10は、日本国の法令「外国為替及び外国貿易法(外為法)」等により、輸出や技術の提供が規制されています。
  • FX10を利用しようとする際には居住性判定が必要となります。
    居住性判定フローチャートをお読みいただき、居住者・非居住者の申請をお願いいたします。

【お問い合わせ先】

東京大学大学院工学系研究科 ポスト「京」重点課題⑥ 事務局

〒113-8656 東京都文京区本郷7-3-1 工学部8号館
E-mail: handson-abinitmp★save.sys.t.u-tokyo.ac.jp
メールアドレスの★部分を@に変更の上、送信ください。